Syphon Filter: Logan's Shadow расскажет нам о продолжении приключений агента Гейба Логана. В этот раз история завязана вокруг Лиан Ксинг, которая признается предателем после своего таинственного исчезновения. После этих событий правительство закрывает Агентство. Однако, главный герой Гейб Логан уверен, что Ксинг ни в чем не виновата. Он объединяет силы с Терезой и отправляется на поиски своего пропавшего товарища без оборудования, приспособлений и поддержке, к которым он привык.